Основанием для возбуждения дела послужили материалы по фактам передачи генеральным директором компании Евгением Филатовым взяток заместителю начальника управления регулирования перевозок Росавиации Юрию Малышеву на общую сумму более 2 млн рублей. Деньги передавались за организацию выдачи авиакомпании разрешений на разовые полеты в порядке международных чартерных сезонных рейсов. Постановление мирового судьи в законную силу не вступило в связи с жалобой ООО «Ай Флай» о несогласии с размером назначенного административного штрафа.